La mayor parte de la actividad de un puerto es desarrollada por empresas privadas que operan en él mediante licencias, autorizaciones o concesiones otorgadas por la Autoridad Portuaria. Estos títulos habilitan a las empresas a operar en el puerto, al tiempo que regulan, tanto la actividad desarrollada, como el tipo de uso del espacio portuario que les es permitido.

Por tanto, la influencia de la Autoridad Portuaria sobre el desempeño ambiental de la operativa es indirecta, y se desarrolla estableciendo condiciones de operación respetuosas con el entorno, bien en las ordenanzas de los puertos, o bien en las licencias y autorizaciones que regulan la actividad las empresas que operan en el puerto.

No obstante, a la hora de impulsar una mejor gestión ambiental por parte de las empresas que operan en el puerto, las Autoridades Portuarias, no solo disponen de mecanismos de regulación administrativa, sino también de mecanismos de incentivo económico como son:

• Bonificaciones a las tasas de actividad.  Otorgadas a aquellos operadores que firmen y cumplan convenios de Buenas Prácticas acordados con la Autoridad Portuaria.

• Prorrogas no previstas al plazo de concesión. Concedidas a  los operadores que lleven cabo inversiones que sean de "interés para mejorar la calidad ambiental de las operaciones portuarias“.

En este contexto las Guías de Buenas Prácticas desarrolladas por Puertos del Estado, en colaboración con las Autoridades Portuarias y los Operadores Portuarios, tienen por objetivo proporcionar un marco de referencia común, que permitan sistematizar y armonizar las iniciativas de impulso a un mejor desempeño ambiental de las operaciones en el conjunto del sistema portuario.

En el momento actual están disponibles las siguientes guías, accesibles desde esta página.

• Guía de buenas prácticas en la implantación de sistemas de gestión ambiental: Proporciona recomendaciones para implantar sistemas de gestión ambiental en empresas portuarias. Dichas recomendaciones tienen por objeto adecuar los sistemas de gestión, tanto las particularidades de la operativa en el puerto, como a las necesidades de verificación de los convenios de buenas prácticas que el operador pueda firmar con la Autoridad Portuaria.

• Guía de buenas prácticas en la manipulación de graneles sólidos: Esta guía proporciona recomendaciones tanto de buenas prácticas en las operaciones, como en la dotación de equipos. El objetivo es ayudar a controlar los impactos ambientales ligados a la manipulación de graneles sólidos, mediante un esquema de gestión flexible que tenga en cuenta la gran variedad de esquemas de operación, equipos, niveles de actividad y grados de vulnerabilidad del entorno que se presentan en nuestros puertos.